A comunidade de Bom Jesus da Lapa é um galho da comunidade São João Batista, pois era uma só comunidade. Mas devido à distância, em 1997, as pessoas passaram a se reunir e a realizar Círculos Bíblicos em uma antiga escola da região, no mesmo ano em que se realizou a primeira missa da comunidade.
A comunidade continuou se reunindo nessa escola até o ano de 2011, quando a escola passou por uma reforma e por fim, se transformou na atual Igreja.